متحد گشت ، اوضاع براى دو امارت‌نشين تيمورى بدتر از بد شد . شاهزادگان ريشه‌دار و ترك‌نژاد رقيب آنان را به ستوه آوردند ؛ اين شاهزادگان در شهرها و ايالتهاى تحت سلطه خود با استقلالى كه در نتيجه ضعف قدرت مركزى به دست آورده بودند ، به رقابت با يكديگر مشغول شدند - ضعف قدرت مركزى هم نتيجه طبيعى مفهوم تركان از دولت بود كه پيشتر بدان اشاره رفت يعنى مملكت صرفا به يك نفر حاكم تعلق ندارد ، بلكه توأمان به همه اعضاى خاندان حاكمه متعلق است . تباهى قدرت در ماوراءالنهر شدت خاصى داشت . در اينجا مثل گذشته خطر از سوى دو همسايه شرقى احساس مىشد يكى ازبكان بودند كه در سال 1447 م . تحت فرماندهى ابوالخير خان از بازماندگان شيبان ( يا شيبان ) فرزند جوجى و نوه چنگيز خان توانسته بودند نواحى تحت سلطه خود را ( تحت سايه تيموريان ) تا سيحون بگسترانند ؛ و ديگرى مغولان بودند كه در اسمرچيه يعنى در ايسيك‌كول و رودخانه‌هاى تالاس ، ايلى ، يولدوز و مناس زندگى مىكردند . ابو سعيد به‌رغم روابط اساسا دوستانه بين آنان ، مجبور شد در برابر دسيسه‌هاى پىدرپى ازبكان از خود دفاع نمايد . از اينها گذشته ، او توانست با تقسيم مغولستان بين دو تن از شاهزادگان رقيب چغتائى ، قدرت متجاوز مغولان را مهار كند . ولى تقدير چنين بود كه يونس خان ( 892 - 866 / 87 - 1462 ) تحت‌الحمايه خود او ، بعدها سرزمين تحت سلطه‌اش را دگرباره متحد سازد و چنان قدرتى به هم بزند كه بتواند در كشمكشهاى تيموريان غرب تركستان دخالت نمايد . در اين مورد بايد يادآورى كرد كه اين شاهزادگان بدون توجه به نسب ممتازشان كه به ذريه چنگيزيشان مباهات مىكردند ، نظير اقوامشان ، ترك و يا تركى شده ، محسوب مىشوند . حتى در ميان ساكنان مغولستان اين ايام كه خود را مغول مىناميدند و ساير گروههاى نژادى هم كه آنان را مغول مىشناختند ، جاى ترديد است كه زبان مغولى رواج داشته باشد . يونس خان سابق الذكر ، در ايام جوانى سالهاى زيادى در ايران زندگى كرده بود و به چنان فرهنگى دست يافته بود كه لقب « بافرهنگ‌ترين مغولان تمام ايام » را به دست آورده بودند . عمر شيخ برادر سلطان احمد كه از انديجان شاهزاده حاكم فرغانه بود ( با فرزند تيمور به همين نام كه در زمان خودش در فرغانه حكومت مىكرد اشتباه نشود ) ، با او روابط دوستانه داشت . قتلغ‌نگار خانم همسر عمر ، خواهر خان ، مادر فرزند او ظهيرالدين محمد بابر ( متولد 888 / 1483 ) بود كه از جانب پدرى با تيمور و از جانب مادرى با چنگيز خان نسبت داشت ؛ بابر بعدها مؤسس سلسله و امپراتورى مغولان اعظم در هند گرديد . به دنبال سقوط ابو سعيد ، مرگ ابوالخير خان شيبانى نيز در سال 3 - 872 / 1468 رخ داد . او پس از سالها جنگ و نبرد سنگين با اويراتها كه از سمت غرب مغولستان فشار وارد مىآوردند ، سرانجام شكست خورد و به وسيله اعضاى خاندان خود كه پيشتر از سوى او رانده شده و در مغولستان سكنى